O compromisso e a busca por inovação norteiam marcos importantes na trajetória da Eurofarma, como o lançamento do primeiro produto genérico de uso oncológico no país, no início dos anos 2000 e, pouco tempo depois, de genéricos contraceptivos orais e injetáveis, à frente da concorrência. Em 2015, a empresa desenvolveu e obteve o registro do primeiro medicamento biossimilar da América Latina, o Fiprima® (filgrastim). Em todo o mundo existem apenas 20 biossimilares, sendo 19 na Europa e 1 nos Estados Unidos.

Toda a tecnologia aplicada ao produto foi desenvolvida internamente, um marco para a indústria farmacêutica nacional. A Eurofarma investiu mais de R$ 25 milhões no desenvolvimento do Fiprima®, medicamento biotecnológico utilizado para induzir o aumento de células de defesa do organismo em portadores de alguns tipos de câncer, como mama e leucemia, evitando o surgimento de doenças infecciosas oportunistas.

A Eurofarma busca fortalecer os alicerces para seguir com o pioneirismo, e a companhia tem clara sua meta: ter sua primeira molécula nova nos próximos anos. Para ajudar neste caminho criou, em 2015, o Núcleo de Inovação Radical, com a contratação de renomados cientistas. Em 2019, entrará em operação o Centro de Inovação Eurofarma, espaço que está em construção no Complexo Industrial de Itapevi, na Grande São Paulo, e que abrigará projetos relacionados à inovação radical, biotecnologia, biossimilares e novas plataformas tecnológicas. Um laboratório de síntese orgânica estará à disposição dos pesquisadores, com capacidade de produzir até 1 kg de composto químico. Os investimentos no Centro somam R$ 198 milhões.

Um dos focos dos projetos de P&D é atender os segmentos desamparados pela indústria farmacêutica, nos quais há carência de investimentos e necessidades de tratamento, como as divisões de antibióticos, metabolismo e obesidade, sistema nervoso central e oncologia. Em inovação radical, a atenção está na busca por moléculas de anti-infecciosos que estão com demandas não respondidas no hemisfério Sul, para a isso a Eurofarma integrou a frente internacional de pesquisa e desenvolvimento para doenças negligenciadas.

Em 2017, a empresa investiu 6% da receita líquida de suas vendas em Pesquisa & Desenvolvimento, somando R$ 179 milhões.  Atualmente, a companhia tem cerca de 200 produtos em pipeline, entre cópias, inovação incremental e cinco projetos radicais, sendo 2 em parceria com o Structural Genomics Consortium. Neste último ano, a empresa registrou número recorde de lançamentos, sendo 37 novos produtos no Brasil e 49 em outros países. A agilidade de Pesquisa e Desenvolvimento tornou a Eurofarma a empresa com maior capacidade de capturar market share com lançamentos.