O compromisso e a busca por inovação norteiam marcos importantes na trajetória da Eurofarma, como o lançamento do primeiro produto genérico de uso oncológico no país, no início dos anos 2000 e, pouco tempo depois, de genéricos contraceptivos orais e injetáveis, à frente da concorrência. Em 2018, a empresa disponibilizou no mercado o primeiro medicamento biossimilar da América Latina, o Fiprima® (filgrastim), com início da comercialização em 2018. Em todo o mundo existem apenas outros 20 biossimilares (19 na Europa e 1 nos Estados Unidos).

Toda a tecnologia aplicada ao produto foi desenvolvida internamente, um marco para a indústria farmacêutica nacional. A Eurofarma investiu mais de R$ 25 milhões no desenvolvimento do Fiprima®, utilizado para induzir o aumento de células de defesa do organismo em portadores de alguns tipos de câncer, como o de mama e a leucemia, ajudando a evitar o surgimento de doenças infecciosas oportunistas.

A Eurofarma busca fortalecer os alicerces para continuar com o pioneirismo e atingir a meta: ter sua primeira molécula nova nos próximos anos. Para chegar ao objetivo criou, em 2015, o Núcleo de Inovação Radical, com a contratação de renomados cientistas. Em 2019, com o Centro de Inovação Eurofarma, no Complexo Industrial de Itapevi, na Grande São Paulo, abrigará projetos relacionados à inovação radical, biotecnologia, biossimilares e novas plataformas tecnológicas. Os investimentos no Centro são estimados em R$ 155 milhões. Em 2018, foi inaugurado um laboratório de síntese orgânica com capacidade para produzir até 1 kg de composto químico.

Um dos focos dos projetos de Pesquisa e Desenvolvimento é atender os segmentos desamparados pela indústria farmacêutica, como as divisões de antibióticos, metabolismo e obesidade, sistema nervoso central e oncologia. Em inovação radical, a atenção está na busca por moléculas anti-infecciosas que estão com demandas não respondidas no hemisfério sul. Para isso a Eurofarma integra a frente internacional de pesquisa e desenvolvimento para doenças negligenciadas.

Em 2018, a empresa investiu 7% da receita líquida de suas vendas em Pesquisa & Desenvolvimento, somando R$ 252 milhões.  Atualmente, a companhia tem mais de 200 projetos em pipeline, entre cópias, inovação incremental, e incluindo 5 radicais, sendo 2 em parceria com o Structural Genomics Consortium. Em 2018, a empresa colocou no mercado brasileiro 36 novos produtos e 29 em outros países. A agilidade de Pesquisa e Desenvolvimento (P&D) tornou a Eurofarma a empresa com maior capacidade de capturar market share com lançamentos.